Análisis de brotes en tiempo real: el ébola como estudio de caso - parte 1

#simulation #response #ebola #epicurve #reproduction number #Spanish

Introducción Esta práctica (en tres partes) simula la evaluación temprana y la reconstrucción de un brote de enfermedad por el virus del Ébola (EVE). Introduce varios aspectos del análisis de la etapa inicial de un brote, incluida la tasa de letalidad (CFR por sus siglas en inglés de Case Fatality Ratio), curvas epidemiológicas (parte 1), estimación de la tasa de crecimiento, datos del rastreo de contactos, retrasos y estimaciones de transmisibilidad (parte 2), así como la reconstrucción de la cadena de transmisión mediante el uso de outbreaker2 (parte 3). ...

VBD: building a simple model for Zika

#zika #compartmental models

This practical aims to illustrate the basics of vector borne disease (VBD) modelling using R, with an emphasis on how the methods work. We will use a basic model for an arboviral infection as an example. In this practical we will begin by gaining some understanding of the components which contribute to $R_0$ and how potential interventions influence transmission. Later in the practical you will construct a model of Zika transmission to look at the effects of several parameters. ...

VBD: Construyendo un modelo simple para Zika

#zika #compartmental models #Spanish

El objetivo de esta práctica es presentar los conceptos básicos del modelado de Enfermedades Transmitidas por Vectores o VBD (por sus siglas en inglés Vector Borne Disease) mediante el uso del programa R, con énfasis en el funcionamiento de los métodos; utilizando como ejemplo un modelo básico de infección por arbovirus. En esta práctica, se comenzará por comprender los componentes que contribuyen a $R_0$ y cómo las posibles intervenciones influyen en la transmisión. ...

Visualización y Análisis de datos espaciales en salud pública

#spatial analysis #COVID19 #sf #clustering #Spanish

Introducción Este taller consiste en 3 partes que buscan exponer al alumno a múltiples técnicas de análisis espacial en el contexto de brotes epidemiológicos. Utilizaremos datos ficticios de la pandemia de COVID-19 en Lima metropolitana para aprender a manejar datos espaciales en ‘R’, visualizar múltiples formatos de datos espaciales y analizar la variación espacial del riesgo de COVID-19 incluyendo la detección de clústers (agrupaciones) de casos. Resultados del aprendizaje Al final de este taller, usted será capaz de: ...

Una introducción a R y RStudio

#R #Rstudio #Spanish

Introducción El presente tutorial es parte de los materiales de pre-curso “Curso corto sobre análisis y modelización de brotes para la salud pública.” El objetivo es presentar a los estudiantes los conceptos básicos de R y R Studio, con el fin de obtener algunos conocimientos básicos en la programación de R y R. Instalando R y R Studio R es un entorno de software libre y RStudio es un entorno gratuito y de código abierto para trabajar en R. ...

Taller R Markdown

#Reproducibilidad #R #R Markdown #Spanish

Inicio. Para comenzar, abra RStudio y cree un proyecto definiendo la carpeta de trabajo donde se van a colocar todos los archivos relacionados con esta práctica (ver figura 1). (Figura 1. Ruta para crear un proyecto) A continuación, siguiendo la ruta File>New File>R Markdown (figura 2) cree un archivo de R Markdown definiendo: título, autores y con formato de salida html. (Figura 2. Ruta para crear archivo .Rmd) Aparecerá en el panel superior izquierdo, un nuevo archivo con un encabezado delimitado por --- que incluye las definiciones anteriores más la fecha actual. ...